Mikrobioma usus terdiri dari berbagai mikroorganisme yang hidup di saluran pencernaan dan ikut berhubungan dengan proses pencernaan serta fungsi tubuh lainnya. Pola makan punya pengaruh besar terhadap lingkungan tempat mikroorganisme tersebut hidup. Kalau makanan sehari-hari terlalu banyak makanan ultra-proses dan terlalu sedikit sumber serat seperti sayur, buah, kacang, dan biji-bijian, keragaman serta komposisi mikrobioma bisa ikut berubah.
Masalahnya bukan berarti satu kali makan makanan olahan langsung merusak usus. Yang lebih perlu diperhatikan adalah pola makan dalam jangka panjang. Makanan yang rendah serat dan tinggi gula, garam, atau lemak tertentu bisa membuat asupan bahan yang dibutuhkan bakteri usus menjadi kurang. Karena itu, memperbanyak makanan utuh dan beragam biasanya merupakan langkah yang lebih masuk akal daripada mencari satu produk yang katanya bisa "membersihkan" usus. Kesehatan mikrobioma lebih banyak dipengaruhi kebiasaan makan secara keseluruhan.
